Penelitian mandiri adalah pelaksanaan penelitian yang dilaksanakan oleh dosen Universitas Madako Tolitoli dengan action individu disiplin ilmu masing-masing, adapun keterlibatan sumber dana yang mensponsori kegiatan penelitian ini diperbolehkan dari sponsor atau dari dana pribadi asalkan patuh terhadap MoU dan tidak melanggar peraturan kepegawaian dan etika dalam masalah akademik Universitas Madako Tolitoli. Program penelitian ini bertujuan untuk membina dosen dan mahasiswa dalam meningkatkan kemampuan, keterampilan, dan kemandirian dalam melaksanakan penelitian. Kegiatan penelitian mandiri ini dapat dilaksanakan secara kelompok yang terdiri dari dosen dan mahasiswa. Proposal dan laporan hasil penelitian yang dilaksanakan secara mandiri harus mendapatkan legalitas dari Ketua LPPM Universitas Madako Tolitoli. Sedangkan hasil akhir penelitian dapat dipublikasikan pada Jurnal terakreditasi maupun tidak terakreditasi atau dalam bentuk seminar ilmiah