Penelitian dengan pihak ketiga adalah kegiatan yang dibiayai oleh pihak selain Mandiri dan Internal Universitas Madako Tolitoli. Pendanaan penelitian yang berasal dari pihak luar Universitas Madako Tolitoli yang didapatkan melalui kompetisi. Penelitian eksternal sangat diharapkan bisa diraih para dosen di lingkungan Universitas Madako Tolitoli. Topik penelitian bisa berasal dari Universitas Madako Tolitoli atau disesuaikan dengan permintaan/kebutuhan pemberi dana. Dana untuk kegiatan penelitian yang bersumber dari dana eksternal biasanya berasal dari instansi pemerintah melalui kementerian terkait (seperti: Kemenristekdikti, Kemenag, Kemenkeu, atau Kemenkes), pemerintah daerah (provinsi, kabupaten/kota), instansi swasta, maupun pihak-pihak lain dalam masyarakat yang mendapatkan manfaat dari pelaksanaan kegiatan penelitian.  Panduan dan aturan dari pemberi dana harus di ikuti peneliti sebagai bagian dari seleksi administratif dari pemberi dana sepanjang tidak bertentangan dengan nilai-nilai yang dijunjung tinggi oleh Universitas Madako Tolitoli.  Selain itu, pihak LPPM Universitas Madako Tolitoli secara berkala melakukan proses monitoring dan evaluasi. Hal ini dilakukan agar profesionalisme peneliti tetap terjaga, demi nama baik Universitas Madako Tolitoli. LPPM Universitas Madako Tolitoli akan melakukan fungsi intermediasi dalam pemberian informasi sponsor maupun penyampaian proposal kepada pihak pemberi dana